教育部办公厅2004年4月21日发出《关于进一步加强高等教育研究机构建设的意见》（教高会厅［2004］1号）。《意见》指出，我国地方和高校高等教育研究机构主要是在改革开放以后逐步发展起来的，为高等教育的决策和决策实施提供了切实有效的服务，在推动高等教育科学的理论建设和指导实践、推动教育观念的转变等方面起到了重要作用，促进了高等教育的改革发展，并取得了许多重要的研究成果，出版了大量的研究著作和论文资料，培养了一大批教育研究和管理人才。面对全面建设小康社会的宏伟目标，我国高等教育事业应该有一个更大的发展，这就使高等教育研究具有更加重要的作用和意义。必须进一步加强高等教育研究机构的建设，更广泛地开展群众性的高等教育科学研究，促进高等教育创新。

　　但是，目前我国高等教育研究机构建设和研究工作的开展中，也存在一些突出问题，一些教育行政部门和高校对高教研究在教育决策、管理和改革发展中的重要作用还缺乏正确认识，对高教研究工作重视不够、投入不足；有些学校的高教研究机构任务不明确；高等教育研究机构条件较差，研究人员的职称、待遇等问题长期得不到妥善解决；高教研究机构之间缺乏交流合作，有些研究课题存在低水平重复、与实际脱离等问题。

　　《意见》指出，各级教育行政部门和高校要进一步提高对高教研究重要性的认识，切实加强高教研究机构的建设。一要充分重视高教研究机构在高教改革和发展中的作用，要充分认识到在高等教育深化改革特别是高校依法自主办学的新形势下，如果没有高水平的教育科学研究，仅凭经验办学，将很难建设高水平的高校，更难在高等教育发展中有所创新；有远见、有创新、成熟的教育领导者，必然重视教育思想、教育理论、教育理念的先导作用。二要加强高教研究机构的组织建设，应当根据各地方、各高校的实际情况，建立必要的高等教育研究机构。三要加强高教研究机构的队伍建设，高校的高教研究机构应建立专兼职结合、素质较高的精干研究队伍，对专职以及比较固定的兼职研究人员，应当安排必要的培训进修，创造学习提高的条件。四要加强高教研究机构的制度建设，这些制度主要包括研究机构的组织领导、研究规划和计划的制订实施，研究工作过程的监督检查，研究成果的评审鉴定，研究人员的职责考核，与校内有关部门的联系合作，研究经费的使用管理，研究资料的建网建库等。五要保证高教研究机构必要的研究工作条件。高教研究机构也要利用本身的优势，逐步创造更好的研究工作条件。六要加强高教研究机构之间的联系、交流、合作。中国高教学会组建的"全国高等教育研究机构协作组"应发挥学术性团体的优势，担负起推动各地方、各高校高教研究机构之间相互联系、加强交流、开展合作等方面的任务。七要加强高等教育研究人才的培养工作，有高等教育学研究生培养任务的高教研究机构，要加强学科和课程建设，充实师资力量，提高研究生培养质量；各高教研究机构都应根据需要和可能，在教师和干部的上岗培训、岗位培训以及继续教育中，担负起教育理论、教学方法、教学管理和教育研究等方面的培训任务，有条件的高校高教研究抽（室），还应积极参与大学生的学习指导、文化素质教育、心理健康教育、就业指导和创业教育等方面任务。